Unter der Cystoisospora-Infektion versteht man sowohl die durch Ansteckung mit den katzenspezifischen Cystoisospora spp. (Eucoccidiida; Isosporidae) hervorgerufene Kokzidiose der Katze (Endwirt) als auch die fakulative Infektion mit extraintestinalen Stadien (sog. Wartestadien) der katzen- u. hundespezifischen Cystoisospora-Arten.